No existe ninguna forma de prevención conocida para la neumonía atípica. Sin embargo, evitar a aquellas personas con la infección puede ayudar a reducir el riesgo. Los bebés y las personas en mal estado de salud, en especial aquéllas con sistemas inmunitarios debilitados debido al VIH, trasplante de órganos u otras afecciones, deben evitar el contacto con individuos que padezcan neumonía por micoplasma.
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