Es una infección que se presenta durante o después del tratamiento de otra infección ya existente y que puede originarse por el tratamiento en sí o por alteraciones del sistema inmunitario.
Por ejemplo, una candidiasis vaginal que se presenta después de un tratamiento con antibióticos de una infección bacteriana es una infección secundaria. Otro ejemplo es el desarrollo de una neumonía bacteriana posterior a una infección respiratoria viral de las vías aéreas altas.