Los riesgos mayores son dolor, sangrado o infección. También hay un riesgo de perforación (ruptura) de la pared del tejido durante una endoscopia.
Se pueden presentar reacciones a la anestesia, aunque es poco común. Por esta razón, se vigilará la respiración, la presión arterial, la frecuencia cardíaca y el nivel de oxígeno durante el procedimiento.
Las endoscopias también se pueden utilizar para tratar ciertas enfermedades o afecciones. Por ejemplo, se puede extirpar tumores y detener el sangrado de lesiones.