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El resultado depende del grado de daño o pérdida que sufran los intestinos, aunque la mayoría de los defectos se corrigen satisfactoriamente con la cirugía.
El lactante recibe atención postoperatoria en una unidad de cuidados intensivos para recién nacidos. Se coloca en una Isolette (incubadora) para mantenerlo caliente y evitar las infecciones. Se le suministra oxígeno y, a menudo, requiere ventilación mecánica. También se le suministran líquidos intravenosos, antibióticos y analgésicos. Se le inserta una sonda nasogástrica con el fin de mantener el estómago libre de secreciones gástricas. La alimentación a través de la sonda nasogástrica se inicia tan pronto como el intestino reanude su funcionamiento normal. Este proceso de alimentación se realiza muy lentamente y, con frecuencia, los lactantes están renuentes a comer, por lo que puede ser necesaria una terapia de alimentación y mucha motivación.

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